Ихтиофауната е представена от два балкански ендемита – маришка мряна (Barbus cyclolepis) и балкански щипок (Sabanejewa aurata balcanica), и два български ендемични вида – струмски гулеш (Noemacheilus bureschi) и главоч (Cottus gobio haemusi).

Черна мряна (Barbus meridionalis), разпространена е в много от долните и средните течения на реките в Рила, Благоевградска Бистрица, Рилска река и др.

Речен кефал (Leuciscus cephalus), разпространен в някои от долните течения на реките, Благоевградска Бистрица.

Дъгова пъстърва (Oncorhynchus mykiss), нетипичен за ихтиофауната на Рила вид, срещащ се спорадично на места след зарибяване в някои езера и реки, Рилска река.

Костур (Perca fluviatilis), среща се спорадично в предпланински водоеми и някои по-високи водоеми, с. Дъбрава (Благоевградско), яз. „Белмекен” и др.

Лешанка (Phoxinus phoxinus), има я в почти всички рилски реки, достига пъстървовата зона.

Балканска пъстърва (Salmo trutta fario), вирее повсеместно във всички реки в пъстървовата зона на Рила. Сивен (Salvelinus fontinalis), интродуциран вид, нетипичен за ихтиофауната, срещащ се спорадично след зарибяване на планинските реки и водоеми – Рилска река и яз. „Белмекен”.

Планински кефал (Leuciscus souffia), рядък и важен вид, който се среща в някои високопланински водоеми на Рила – Рилски езера, яз. „Калин” и др.

В парка се опазва „пъстървовата зона” на български реки от водосборите на р. Дунав и Егейския водосборен басейн.

За да бъдат запазени и съхранени популациите на видовете риби, някои от тях се опазват от Закона за биологичното разнообразие, други – в резерватите в парка. За любителите на риболова са разрешени някои от езерата на територията на парка, както и отделни части на някои от реките, описани в Плана за управление на Национален парк „Рила”.