Горите в Рила планина са многолики поради различния релеф, надморска височина, изложение, почвена покривка, воден баланс и гъстота. Срещат се типични широколистни, смесени и иглолистни гори. Широколистните гори започват от най-ниската част на НП „Рила”. Това е поясът на бука (букакът) – от 800 до 1200 м н.в., където доминиращ вид е обикновеният бук (Fagus sylvaticа). Тези гори са хладни, влажни и с много животински видове. Букът образува чисти букови гори или смесени с различни видове широколистни и иглолистни видове. Той е силно конкурентоспособен вид, който измества смърча от местообитанията му. Това може да се види по пътеката на х. „Македония” вдясно, в долната граница на резерват „Парангалица”.

В зоната на бука има единични дървета от обикновен тис (Taxus baccata), обикновена ела (Abies alba), борисова ела (Abies boris regisi), както и съобщества с воден габър (Ostrya carpinifolia). Вдясно на туристическата пътека от х. „Вада” за х. „Иван Вазов” има красива гора с вековни тисови дървета. Множество подрасти от този защитен вид има по пътеката на ботаническия маршрут, който започва от Яворова поляна. Водният габър може да се открие по долината на р. Ковачица, при надморска височина над 800 м.

Над границата на бука започва поясът на смесените гориот 1000 до 1200 м н.в., в която съотношението на широколистните и иглолистните видове е различно и зависи от условията на средата. В този пояс сред смърча и елата преобладават северните дървесни видове бреза (Betula pendula), трепетлика (Populus tremula), офика (Sorbus aucuparia), брекиня (S. torminalis), мукина (S. aria), ясен (Fraxinus excelsior), мъждрян (F. ornus) и др. В зоната над 1200 м н.в. започва поясът на иглолистните гори от обикновен смърч (Picea abies), обикновена ела, бял бор (Pinus sylvestris), с единични северни широколистни дървесни видове от бреза, трепетлика, офика, ива (Salix caprea) и др. Иглолистните гори заемат стръмните склонове на парка и са доминирани от иглолистни дървета с шишарки. На много места в Национален парк „Рила” може да се срещне балканският ендемит бяла мура (Pinus peuce) – петиглен бор, растящ на стръмни склонове на горната граница на гората, на повече от 1600 м н.в. В България видът се среща основно в Рила и Пирин. Има изключително ценна дървесина. Благодарение на това, че расте на труднодостъпни терени, той в много редки случаи е бил обект на сеч преди обявяването на защитените територии. Резерват „Скакавица” е обявен, за да бъдат запазени естествените гори от този вид.

Независимо че иглолистните гори са вечнозелени, иглиците им падат и върху почвата се образува дебел слой, който е „вечен” в резултат на бавните процеси на разграждане на органичната материя. Този дебел слой от органична маса не дава възможност на семенцата на смърча и на други растителни видове да достигнат до почвения слой и да покълнат. Смърчовите гори са бедни на тревисти растения, защото са много сенчести. Повечето от растенията, които виреят в тях, са мъхове, папрати и билки.

Поясът на клека заема площите с надморска височина над 2000 м. Клекът(Pinus mugo) расте изключително бавно при тежки метеорологични условия (дебели снегове, бурен вятър, лавини). Прилича на храст, дървесината му е плътна и жилава и не се чупи от тежестта на снега. Високо в планината прави плътна покривка, през която трудно се преминава без маркирана туристическа пътека. Клекът е дървесен вид, който като страж бди над гората, за да я защити от тежките климатични фактори.

Сред интересните дървета на Национален парк „Рила” е и турската леска – един вид, който не е сред повсеместно разпространените. За разлика от познатата леска, това е величествено дърво с едри лешници и здрава черупка. В Национален парк „Рила” видът е с много добра представителност в Стенишки рид в Южна Рила, десния бряг на Белишка река.

Друг интересен вид за Рила е водният габър. Той расте главно в низините и дефилетата, в подножието на Родопите, Рила, Пирин и долината на р. Струма. Водният габър е терциерен реликт, който се среща рядко. В Национален парк „Рила” видът може да бъде видян по долините на р. Ковачица, при надморска височина над 800 м, където се усеща средиземноморският въздух, идващ по долината на р. Струма. Месторастенето на този широколистен вид е по стария горски път вляво от пътя, свързващ Благоевград с м. Карталска поляна. Гората, освен че ни осигурява кислород, вода и впечатляващи гледки, е дом на различни едри и дребни животински видове, птици, различни видове гъби, лечебни растения, диворастящи плодове и др.